水溶肥滴灌施肥时，先滴清水，等管道充满水后开始施肥。施肥结束后立刻滴清水20-30分钟，将管道中残留的肥液全部排出（可用电导率仪监测是否彻底排出）。如不洗管，可能会在滴头处生长青苔、藻类等低等植物或微生物，堵塞滴头。
其次，大棚或温室长期用滴灌施肥会造成地表盐分累积，影响根系生长。可采用膜下滴灌抑制盐分向表层迁移。
